报告指出，截至2005年，亚马孙累计毁林8577666平方公里，占当地原始林的17%，毁林大多是由于转变林地用途，工业化农业生产和种植园扩张正在成为毁林的重要因素，特别是在巴西亚马孙流域。政府的发展政策导致大量移民迁入森林，基建工程随之向林地扩张。1975年-2005年间，巴西亚马孙道路增加了10倍。

    该报告警告，毁林、土地退化和森林破碎化已经产生了严重的生态问题，其中包括空气污染、森林火灾、水源减少和干旱等。报告指出，由于缺乏合作和有效的管理，要解决这些问题非常困难。

    森林大面积减少的一个潜在威胁是气候变化。UNEP的报告指出：“气候变化对亚马孙生态系统产生了巨大压力，使该系统变得越来越脆弱。”

    报告敦促亚马孙流域各国制定“统一的亚马孙环境蓝图”，确立亚马孙环境在当地发展中的重要地位。联合国副秘书长、联合国环境规划署执行主任阿奇姆·施泰纳说：“这些享有丰富但却很脆弱的生态系统的国家最近已经制定了环境与可持续发展战略，但他们尚需要制定一个统一的亚马孙环境蓝图。”