花卉大棚具有高温、高湿、封闭和连年种植的特点，为花卉病虫的周年繁殖和危害提供了适宜的气候条件及越冬场所，有利于土传病虫害的发生流行，因而使花卉病虫害种类多、危害程度逐年加重，严重影响下茬花卉的生长。如果在大棚换茬期间的间隙时间，采取有效措施及时对土壤进行消毒，切断病菌传染病，就能控制大棚花卉多种病害的发生。现将几种主要的消毒方法介绍如下：

药剂消毒法。简单的操作步骤是：一是清洁棚室。在上茬结束后，将所有植株残体清出温室大棚，深埋或焚烧。二是深翻土壤。在土壤墒情适合时深翻，深度约30厘米以上，并将大土块拍打细碎。三是用药。可用的药剂较多。如可用50%多菌灵可湿性粉剂，每平方米土壤施1.5克，可防治花卉根腐病、茎腐病、叶枯病和灰斑病等病害；也可用浓度为2%左右的酒精（用水调和）喷洒在土壤上，然后用塑料薄膜覆盖1-2星期；或是每平方米土壤用等量式波尔多液2.5公斤喷洒，对花卉黑斑病、斑点病、灰霉病、褐斑病和炭疽病等效果明显。还可以将药剂与土混合制成毒土后用于土壤。毒土的用法有沟施、穴施和撒施。例如，按每平方米25-30克的用量把硫磺粉撒到耕后的棚室内。当然，也可以采用熏蒸的方法对温室大棚进行药剂消毒，常用的熏蒸剂有；棉隆、溴甲烷、氯化苦等药剂。熏蒸法是利用土壤注射器或土壤消毒机将熏蒸剂注入土壤中，并及时在土壤表面覆盖薄膜等物，以便熏蒸剂的有毒气体在土壤中扩散，从而达到杀死病菌的目的。

太阳能消毒法。在大棚前茬花木生产出室后，清除其前茬花木的枯枝烂叶和杂草，根据下茬栽培花木要求，撒施基肥以及稻壳每亩500公斤，或碎稻草600公斤、生石灰70-80公斤。然后把土壤翻耕、耙碎，并进行灌水。在7-8月，气温达30℃以上时，覆盖地膜及大棚膜，可使土壤温度高达60℃左右，晴好天气下保持15-20天，可杀死土壤中的种种病菌及害虫，从而实现高温消毒。消毒结束后撤除地膜和大棚膜，保持露地状，再翻耕土壤，待气味散去后，即可种植。可有效预防枯萎病、青枯病、软腐病等土传病害的发生，同时，高温也能杀灭线虫及虫卵。该法优点：一是可以消灭土壤中的杂草种子，使花农不再需要除草剂。二是消毒效果的持续性非常好，可以维持14个月。三是可以使不怕热的有机体成倍增长，提高土壤有机质含量，使得那些怕热的病原体无法在土壤中生存。四是能够改变土壤的化学性质，被加热的土壤会释放出大量有利于花卉作物生长的元素，如钙、镁等。长期采用此法进行土壤消毒会有明显的增产和改善产品品质的作用。

石灰氮消毒法。石灰氮（氰氨化钙）是一种高效土壤消毒剂，具有消毒、灭虫、防病的作用。选择夏季高温、棚室休闲期使用。每亩用麦草（或稻草）1000-2000公斤，撒于地面；再在麦草上撒施石灰氮50-100公斤；深翻地20-30厘米 ，尽量将麦草翻压地下层；做高30厘米、宽60-70厘米的畦；地面用薄膜密封，四周盖严；畦间灌水，且要浇足浇透；棚室用新棚膜完全密封；在夏日高温强光下闷棚20-30天。闷棚结束后将棚膜、地膜揭掉，耕翻、晾晒，即可种植。石灰氮在土壤中分解产生单氰胺和双氰胺，这两种物质对线虫及其他土传病害有很强的杀灭作用。同时石灰氮中的氧化钙遇水放热，促使麦草腐烂，有很好的肥效。夏季高温，棚膜保温，地热升温，白天地表温度可高达65℃-70℃，10厘米地温高达50℃以上，这样可以有效杀灭土壤中各种病虫害和杂草。在对棚室进行完消毒处理以后，棚室内的有害病原得到了有效的控制，这时要防止病原的再度传入，同时要及时增施生物菌肥，以增加土壤内的有益菌群。在使用了生物菌肥的棚室内，一定要注意定植时不要再使用药剂，以免使用的药剂会杀死有益菌，造成不必要的浪费。